Micro-organismen zoals pollenkorrels bestuderen onder een virtuele microscoop, kan dat? Binnenkort wel. In het project MicroMap van de Universiteit Utrecht wordt een grote pollencollectie gedigitaliseerd en openbaar gemaakt via een online, interactieve omgeving. Dit biedt onderzoekers en studenten wereldwijd kansen voor snellere en betere (her)analyse, training en documentatie. Bovendien kun je met de gebruiksvriendelijke software ook andere soorten micro-organismen bestuderen. Initiatiefnemer Timme Donders vertelt hoe de virtuele microscoop werkt, en hoe het project bijdraagt aan FAIR werken en open science.
Traditioneel pollenonderzoek is belangrijk om bijvoorbeeld klimaatmodellen mee te maken, maar ideaal is het analyseproces niet. “Onderzoekers zoals ik besteden 90% van de analysetijd aan het identificeren van veelvoorkomende zaken. Een preparaat zit bijvoorbeeld vaak vol berkenstuifmeel. Niet bepaald spannend, maar het moet wel geteld worden.” Daarnaast kost het veel moeite om iemand te trainen om de micro-organismen goed te analyseren. “Na een microscopische analyse weet ik niet precies wat een student heeft gedaan. Dat maakt het lastig om iemands kennis en vaardigheden te beoordelen.” Tel daarbij op dat de grote pollencollectie op de Universiteit Utrecht voor weinig mensen toegankelijk is. “Zonde, want studenten en onderzoekers zouden er wereldwijd interessante analyses mee kunnen doen.”
Om deze problemen te tackelen, speelde Donders met het idee van een virtuele microscoop. Daarmee kunnen ingescande preparaten zichtbaar en analyseerbaar gemaakt worden in een online omgeving.
Parallel aan de digitale collectie, bouwt Donders’ team een virtuele microscoop. Die bestaat enerzijds uit software om microscopische beelddata slim te visualiseren (‘Pollenlabeler’), en anderzijds uit een virtuele omgeving waar mensen die beelden kunnen analyseren (MicroMap).
Lees het hele bericht op de site van de UU.
