Jeroen Methorst ontwikkelde een computersysteem dat onderzoekers helpt het eiwit te vinden dat ze nodig hebben. “Onze hele groep werkt nu met dit programma.”
Methorst is nanobioloog en biofysicus, maar in het lab vond hij zichzelf niet zo handig. Hij leerde zichzelf programmeren. Methorst promoveert bij het Leids Instituut voor Chemisch Onderzoek op een computerstrategie ‘waaraan de wetenschap waarschijnlijk nog veel plezier gaat beleven’. Zo zocht collega Niek van Hilten één eiwit dat heel veel virussoorten kan vinden en vernietigen. Dat lukte met de strategie die Methorst ontwikkelde. ‘Je geeft als input dat je een eiwit wilt dat is opgebouwd uit twintig aminozuren, en wat het moet kunnen. Een computerprogramma gaat van start met een paar honderd willekeurige eiwitmoleculen van twintig aminozuren groot.’
Een evolutionair algoritme laat de selectie met elkaar kruisen. Een ander programma beoordeelt die moleculen op basis van de fysica: welke tien, twintig moleculen zijn het beste in kromme membranen herkennen en kapot knippen? Die selectie gaat weer terug naar het evolutionaire algoritme. Dat laat deze selectie virtueel met elkaar kruisen, de moleculen krijgen als het ware kinderen. Net als in de natuur lijken die kinderen op hun ouders, maar ze zijn ook weer anders. Het selectieprogramma selecteert weer de besten en speelt die terug naar het evolutie-algoritme. Dat gaat zo een generatie of twintig, dertig door. Totdat de onderzoekers tevreden zijn.
Lees het volledige bericht op de site van Leiden Universiteit.
